El estuario en sí mismo no ha sido objeto de muchos estudios relacionados con su evolución morfológica. En ese sentido, se estableció un modelo hidro-morfodinámico para analizar los diferentes escenarios que simulan eventos naturales e intervenciones antrópicas llevadas a cabo dentro del estuario y que se han identificado como algunas de las posibles causas de la sedimentación. Se estableció un total de cinco eventos o llamadas ‘intervenciones’, a saber: la reducción de áreas intermareales debido a la deforestación de manglares y construcción de camaroneras, el fenómeno de El Niño, la construcción de la presa Daule-Peripa en la cabecera del río Daule, la construcción del puente ‘Puente de la Unidad Nacional’ sobre los ríos Daule y Babahoyo cerca de su confluencia y finalmente la sobrecarga de sedimentos debido a la deforestación de la cuenca aguas arriba.
El análisis final de los diferentes casos determinó que los cambios en la asimetría de las mareas son las principales causas de la sedimentación y la evolución morfológica general del estuario. Entre otros, los principales contribuyentes a esta variabilidad en la onda de marea se pueden atribuir al caudal de los ríos Daule y Babahoyo y a la disminución de las áreas intermareales. La reducción considerable de estas áreas obedece al aumento de las prácticas de cultivo de camarones y la pérdida secuencial de los bosques de manglares a lo largo de las orillas del estuario. Esto ha reducido principalmente la fricción hidráulica y los efectos naturales de amortiguación de la onda de marea.
Se concluye también que eventos como la construcción del puente sobre los ríos Daule y Babahoyo, así como la sobrecarga de sedimentos relacionada con la deforestación de la cuenca aguas arriba, tienen una importancia menor en relación a los demás factores que afectan la asimetría de la onda de marea.
